第16集

　　肖世杰敏感察觉到研究所可能出现了问题，找到许智建请求调派警力，被许智建拒绝。肖世杰只得带着几个手下赶到研究所，并通过监控设备发觉了有人进入实验室，再次和安柯进行了交锋，打斗中安柯凭借曾经安装的热感监察器逃脱，但胸口中了一枪，留下了血痕。随后赶到的许智建向肖世杰道歉，肖世杰不置可否。沈依萍命令安柯停止和肖世杰的争斗，暂时不得擅自行动。肖世杰找借口调查到彭小玉的住处，再次被安柯蒙混过去。苗旭在和自己背后的神秘人物见面，以重金诱惑其帮自己度过难关。

　　第17集

　　沈依萍将一个装有摄像镜头的项链送给了茹曼，茹曼推辞不过只得接受。通过项链的摄像头，沈依萍将茹曼的举动全盘掌握。为进一步查清案情，邓建国、许智建和肖世杰再次对郝老大进行审问，不料，郝老大当场翻供，指证肖世杰刑讯逼供。肖世杰的工作受到牵连，并一怒之下，和自己多年的合作伙伴纪正龙反目。邓建国勒令肖世杰停止对苗旭的调查。许智建却在上级面前为肖世杰说情。始终关注肖世杰的于华，答应肖世杰协助他私下监视苗旭的行踪。警方对苗旭的通缉因证据的丧失，只好取消。肖世杰怒斥苗旭，总有一天会将他绳之以法。

　　而茹曼再次看到当年写给柴笑天的情书后，内心产生了悸动。柴笑天告诉茹曼，自己是公安部打入苗旭的“王朝”内部卧底的消息，更是让茹曼大吃一惊。沈依萍的即将离开，让肖世杰不免伤感，动情之际，肖世杰得到了地下通道发现不明物体的消息，匆忙赶去，在最紧要关头，和电脑专家一起排除了一组即将爆炸的数码炸弹。

　　第18集

　　一场开诚布公的谈话，让肖世杰和纪正龙这对曾经一次次共同出生入死的战友，再度联手。肖世杰伪造了一份邓建国的手谕，来到看守所提审郝老大，恰遇郝老大和他的手下中毒身亡，郝老大临死对肖世杰说了至关重要的一句话。肖世杰在邓建国办公桌抽屉里，无意发现了一个电话卡。肖世杰指派于华查清了那枚电话卡的秘密，证实了自己多年来视做手足的邓建国，就是公安内部苗旭的保护伞。

　　许智建也接到省公安厅的指示，信赖柴笑天并配合他的行动。面对生活中人与事的一系列翻天覆地的变化，茹曼不由发出深深感触。拿到资料和部分元素的柴笑天向苗旭提出要和直接要货人见面。肖世杰通过线人得到的安柯的指甲，经过DNA检测后，确定了安柯就是屡次进入研究所的罪犯。警察赶到彭小玉的住处后，安柯已离开。

　　第19集

　　安柯从电脑监控器上，发现有人接近他安放在水库大坝下面的炸弹，化妆成公安干警，进入隧道，却与正在准备排除炸弹的肖世杰相遇，两人经过殊死的搏斗，肖世杰负伤，安柯毙命。肖世杰终于将钛金属真空炸弹排除。沈依萍看过柴笑天获取的资料后，同意和柴笑天见面。苗旭安排李栋在交易完成以后杀掉柴笑天。沈依萍对刚刚对她产生了感情的肖冰依依不舍。内心的罪恶和母亲的天性，让沈依萍痛苦不堪却无退路。肖世杰质问了自己信任多年的战友邓建国，告诉他自己终将把苗旭绳之以法。邓建国竭力否认，内心慌乱不堪。沈依萍开始实施最后的犯罪计划，她设计引开茹曼身边的警察，绑架了茹曼。

　　第20集

　　邓建国的事情败露以后，开枪打死了苗旭，跟踪而来的肖世杰目睹了一切，邓建国企图杀死肖世杰，制造肖世杰和苗旭在对射中同时死亡的假象，此时许智建派来保护肖世杰的欧阳带着刑警赶到现场，击毙了邓建国。沈依萍绑架并在茹曼的腿上绑了一枚炸弹，拿着茹曼的证件赶去了研究所，无法挣脱绳索的茹曼最后按响了定位仪。此时的沈依萍已经完成了病毒的合成。肖世杰和柴笑天找到茹曼，茹曼告诉两人，沈依萍要将病毒放入会场的中央空调。肖世杰急忙赶去会场，柴笑天留下帮茹曼拆除炸弹。在炸弹即将爆炸的最后一秒，柴笑天在肖世杰的电话指导下，终于将炸弹拆除。潜入会场空调房的沈依萍正要释放病毒，肖世杰及时赶到，在千钧一发之即，将执迷不悟的沈依萍亲手打死，避免了这场惨重悲剧的发生。一切结束后,肖世杰抱着孩子回了省城。